自然流产的原因非常复杂，包括多种因素，例如胎儿染色体异常，产妇生殖道畸形，病变，感染，内分泌疾病和免疫异常。
染色体异常
如平衡异位，罗氏异位等，虽然外观上没有异常，但其子女染色体异常的可能性很高。此外，辐射，病毒，药物和其他因素也可能导致染色体异常。广州助孕专家提醒对于这部分胚胎，流产起着“适者生存”的作用。
精子质量异常
如果男性长时间暴露于高温，辐射环境，酒精和吸烟中，则精子质量可能会发生变化，从而导致受精卵异常和流产。
产妇因素
包括内分泌异常，如黄体功能不全，多囊卵巢综合征，糖尿病，甲状腺功能减退，肥胖等，也会在怀孕后引起流产。代妈生殖器官的畸形或器质性病变，例如子宫肌瘤，子宫纵隔，子宫腔粘连，子宫颈内口松弛等，将增加流产的风险。
免疫功能异常
流产与免疫因素密切相关，可能是反复流产的重要原因。怀孕后，受精卵必须在子宫中生长，从免疫学的角度来看，这相当于同种移植。也就是说，子宫中存在某种抗体，可以起到“密封”的作用来保护胚胎。
如果缺少抗体，子宫会认为胚胎是“坏事”，因此它利用免疫系统“攻击”胚胎并将其作为异物排出。如果只一次自然流产，则不必感到不安，应该放松身心并锻炼身体，可以在月经恢复正常后为怀孕做准备。
如果自然流产发生3次或以上，也可以称为反复流产。对于这类夫妇，最好在进行针对性解决之前检查出病因。
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